横琴新区地处广东省珠海市，位于珠江出海口的西侧，东临十字门水道，与澳门隔海相望。2009年6月，国务院正式批复《横琴总体发展规划》，明确提出“把横琴建设成为‘一国两制’下探索粤港澳合作新模式的示范区、深化改革开放和科技创新的先行区、促进珠江口西岸地区产业升级的新平台”。横琴新区作为粤港澳合作试验区，承载着为珠三角地区“科学发展、先行先试”创造经验的历史使命。

随着横琴新区开发建设的加快推进，与澳门经济发展和人员往来日益紧密，经横琴口岸往来横琴—澳门两地的通关的客流和货物大幅度增长，而原有的横琴口岸建设标准较低、配套不完善，无法满足横琴开发建设和远期通关需要。为进一步促进横琴和澳门两地经济的深度融合发展，2010年，横琴新区邀请上海同济大学团队对横琴口岸项目进行前期策划，形成了“两个平衡”和“以口岸养口岸”的理念，即：通过口岸枢纽周边土地的开发收益，平衡口岸枢纽的建设投资；通过口岸枢纽经营设施的运营收入，平衡口岸枢纽建成后的运营支出，达到公共设施不造成长期财政负担的目的。